Agira, in origine abitato dai Siculi,  secondo quanto scrive  Diodoro Siculo, durante il periodo greco svolse un ruolo importante nella lotta tra Siracusa e Cartagine. In questo periodo la città si arrichì molto sul piano architettonico ed economico. Infatti, oltre a coniare monete proprie,  la città fu ricoperta di splendidi monumenti, templi  e di un teatro  (secondo in Sicilia dopo  quello di Siracusa).

In epoca romana le testimonianze su Agira ci rimandano a Cicerone.  Egli nelle Verrine parla di Agira come una città di ricchi agricoltori (aratores) e la inserisce nel novero delle opulente città siciliane oggetto dell’insaziabile cupidigia e delle sistematiche ruberie del governatore Verre, che fu governatore della Sicilia dal 73 al 71 a.C.

Tra il VII e l’VIII secolo, proveniente da Roma, arriva ad Agira San Filippo, un monaco basiliano di origini siriane, inviato dallo stesso S. Pietro con il compito di annunciare il Vangelo, distruggere gli idoli pagani e soprattutto scacciare i demoni che, secondo la leggenda, si erano arroccati sulla cima del monte.
San Filippo fonda un monastero, che ben presto diviene uno dei centri più importanti di vita monastica di tutta la Sicilia.

La campagna per la conquista della Sicilia da parte dei Saraceni (Arabi Occidentali) è durata dall’827 all’878. La dominazione araba non fu del tutto negativa.
La terra venne sistematicamente sfruttata e resa fertile mediante opere di irrigazione.
Venne spezzettato il latifondo e assegnato a coloni arabi e berberi. Aumentò la produzione cerealicola. La posizione centrale della Sicilia favorì il commercio.
Queste le principali testimonianze lasciate dagli arabi ad Agira:

• Il quartiere delle Rocche.
• Il mulino ad acqua in contrada Lavandaio.
• Il castello: anche se i suoi ruderi ci indurrebbero a ritenere che sia stato costruito in epoca sveva, quasi certamente esso doveva esistere già al tempo dei saraceni. È probabile, anzi, che gli svevi abbiamo ristrutturato una preesistente fortificazione araba.

I Normanni mantennero la divisione amministrativa data dagli Arabi. Infatti affidararono ai monaci benedettini  il monastero di S. Filippo che assunse il nome di S. Maria Latina. In contemporanea vennero  edificate anche alcune chiese, tra le quali meritano particolare menzione quella di S. Maria Maggiore e quella del SS. Salvatore.

Ai Normanni seguirono gli Svevi, dai quali nel 1215 venne edificata  la chiesa di santa Margherita, che diventò subito la più importante della città, suscitando rivalità nelle altre chiese.
L’antica fortificazione araba (castello) sotto gli Svevi si trasformò in castello di tipo federiciano.

Nel 1454, sotto il regno di Alfonso d’Aragona,  gli Ebrei costruiscono ad Agira una sinagoga, in seguito trasformata, prima in romitorio di monaci francescani (il beato Diego da Sinagra), e quindi in oratorio della Confraternita di Santa Croce. L’Aron della sinagoga si trova oggi nella chiesa del SS.Salvatore ed era il luogo dove venivano conservati i rotoli con le Sacre Scritture.  Solitamente gli Aron venivano costruiti in legno; questo invece, rarissima eccezione, è stato costruito in pietra: è questa una delle ragioni per cui esso è attualmente al centro di una grande attenzione di studiosi ed esperti. “Una vera rarità in tutta l’area mediterranea”, lo definisce il Prof. Titta Lojacono, presidente dell’Istituto Internazionale di Cultura Ebraica slm; “il più antico Aron d’Europa”, afferma su Kalòs, Arte in Sicilia (Anno XIII, n.2 Aprile-Giugno 2001)

Nel 1537  Carlo V  conferisce ad Agira il privilegio di “meno e misto impero” ed aggregò il territorio al regio demanio, per cui esso non può essere venduto, nè alienato, né pignorato, nè concesso in baronia. Alla città viene, inoltre, concesso il diritto di possedere il gonfalone, che è rosso con un’aquila bifronte mentre al centro campeggia su fondo azzurro la figura di S. Filippo in abiti sacerdotali.

Del fiorire di Agira sotto il dominio spagnolo testimoniano particolarmente i monumenti superstiti. Quasi tutte le chiese hanno una importante sviluppo in questo periodo. I secoli XIV-XV-XVI vedono, infatti, fiorire una serie di monasteri: di S. Agostino (sui ruderi del bouleuterion), di Santa Maria degli Angeli, della Madonna di Monte Carmelo, della Madonna delle Grazie e di Santa Maria di Gesù. Furono anche costruite due chiese ex novo: quella di Maria Vergine (divenuta poi di Sant’Antonio di Padova) e quella di San Pietro Apostolo, eretta sul teatro greco.

Nel periodo risorgimentale la vita politica e culturale della città era dominata da poche famiglie nobili. Tra esse particolare importanza ebbe la famiglia dei borboni Zuccaro di Cuticchi, aperta alle innovazioni e schierata dalla parte dei patrioti che combattevano per l’unificazone del Regno d’Italia.